1863 m. gegužės 13 d. Rusijos caras Aleksandras II paskyrė Michailą Muravjovą vyriausiuoju Siaurės vakarų krašto viršininku ir suteikė jam ypatingus įgaliojimus slopinant sukilimą. Nuo rugsėjo M. Muravjovo valdžion perduota ir lietuviškoji Augustavo gubernijos dalis.

 

1863 m. rudenį sukilimas pradėjo blėsti. Šis sukilimas - sudėtinė bendro buvusių Lenkijos ir Lietuvos unijos partnerių pasipriešinimo Rusijos viešpatavimui dalis. Jo pagrindinis tikslas buvo išsivaduoti iš Rusijos, vienaip ar kitaip atkuriant buvusias 1772 m. valstybės ribas. Įvairios Lietuvos visuomenės grupės skirtingai įsivaizdavo Lietuvos politines perspektyvas. Baltųjų partija su J. Geištoru priešakyje įsivaizdavo Lietuvą esant Lenkijos provincija; grupė, kurios lyderis buvo Antanas Mackevičius, - lygiateise federacijos nare;

Konstantino Kalinausko, Jokūbo Daukšos šalininkai siekė atskiros, savarankiškos Lietuvos valstybės. Motiejus Valančius, Laurynas Ivinskis akcentavo laisvą požiūrį į etnokultūrą ir kitų projektų atžvilgiu buvo nusiteikę abejingai. Sukilimo nuslopinimas buvo didžiulis smūgis tradicinei Lietuvos (ir Lenkijos) visuomenės politinei jėgai - bajorijai. Dėl Rusijos vykdomos politikos ir modernizacijos raidos bajorija, vis plačiau reiškiantis naujai lietuvių inteligentijai, socialiai susijusiai su valstiečių luomu, prarado viešpataujančią poziciją visuomenėje.

 

1864 m. sausio 1 d. M. Muravjovas uždraudė visų nevaldinių mokyklų veiklą.

 

1864 m. pradžioje Peterburgo spaudoje buvo paskelbti rusų mokslininko ir visuomenės veikėjo Aleksandro Hilferdingo straipsniai, skatinantys depolonizacijos politiką Lietuvoje ir Baltarusijoje, raginantys Rusijos valdžią pripažinti lietuvių kalbai tam tikras teises švietimo ir viešojo gyvenimo srityse.

 

1864 m. vyskupas M. Valančius įteikė M. Muravjovui projektus dėl būtinumo mokyti skaityti ir rašyti lietuvių kalba Kauno gubernijos valdinėse (rusiškose) pradinėse mokyklose, lietuviškų mokyklėlių įsteigimo prie katalikų bažnyčių ir lietuviškos vidurinės mokyklos įsteigimo prie Varnių dvasinės seminarijos. Gegužę projektai buvo atmesti.

 

1864 vasario 10 d. suimtas paskutinis vyriausiasis sukilėlių „Lietuvos provincijoje“ vadovas Konstantinas Kalinauskas, po mėnesio pakartas Vilniuje.

 

1864 m. kovo 2 d. Rusijos caras Aleksandras II išleido įsaką dėl Lenkijos Karalystės valstiečių reformos. Pagal jį valstiečiai tapo savo valdomos žemės savininkais. Įsakas galiojo ir Lietuvos Užnemunės dalyje.

 

1864 m. gegužės 22 d. Aleksandras II patvirtino M. Muravjovo ir jo padėjėjo, Vilniaus švietimo apygardos globėjo Ivano Kornilovo parengtą bei specialaus slapto Rusijos vyriausybės organo - Vakarų komiteto - aprobuotą Šiaurės vakarų krašto surusinimo programą („Rusų pradų atkūrimo programą“). Ji rėmėsi nuostata, kad Vakarų kraštas, įskaitant ir jam priklausiusias etninės Lietuvos žemes, yra „nuo amžių rusų žemė". Programoje buvo numatyta varžyti Katalikų Bažnyčios veiklą, diskriminuoti katalikus ir proteguoti stačiatikybę apribojant katalikų kilmės asmenų teises gauti valstybinę tarnybą krašte, pirmenybę teikiant rusams stačiatikiams, skatinant rusų dvarininkų ir valstiečių kūrimąsi. Katalikų bajorams buvo uždrausta pirkti parduodamus dvarus, o daugelis konfiskuotų po sukilimo dvarų, neatsiradus pirkėjams tarp rusų dvarininkų, buvo išdalijami iš Rusijos perkeliamiems valstiečiams. Programa taip pat buvo siekiama šalinti lenkų kalbą ir kultūrą iš krašto viešojo gyvenimo, surusinti pradines mokyklas. Buvo manoma, kad rusams mokytojams pavyks įtraukti lietuvius (ir baltarusius) į rusų kultūrinį gyvenimą, apsaugoti juos nuo lenkų kultūros įtakos, supriešinti lietuviškai, baltarusiškai kalbančius valstiečius su lenkiškai kalbančiais dvarininkais, bajorais ir įdiegti jiems rusišką politinę savimonę, šio krašto jaunąją kartą išmokyti rusų kalbos, natūraliai tapsiančios viso krašto civilizacijos proceso kalba. Remiantis šia programa rusinimo politika Lietuvoje buvo įgyvendinama visą XIX amžių. Tačiau dėl Lietuvos priešinimosi rusifikacijai suaktyvėjo visuomenės polonizacija, nes su lenkiška kultūra buvo paprastai tapatinamas kultūrinio, tautinio ir politinio identiteto išlaikymas.

 

1864 m. Rusijos valdžia, nesuderinusi su Vatikanu, Žemaičių vyskupystės centrą iš Varnių perkėlė į Kauną. Taip norėta efektyviau sekti ir kontroliuoti vyskupo veiksmus.

 

1864 m. vietoj uždarytos Vilniaus archeologijos komisijos įkurta Vilniaus archeografijos komisija, kurios tikslas - rengti Rusijos caro politiką atitinkančias Lietuvos istorijos šaltinių publikacijas. 1865-1915 m. komisija išleido 39 tomus aktų, susijusių su buvusios Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės teritorija. Buvo paskelbta daug mokslui vertingų šaltinių.

 

864-1865 m. uždrausta spausdinti ir įvežti lietuviškas knygas lotyniškuoju raidynu. Lietuviškus raštus įsakyta spausdinti kirilica. Tai buvo lietuviškosios spaudos draudimo pradžia. Nors draudimas įstatymiškai įformintas nebuvo (1866 m. sausio 30 d. Rusijos caras Aleksandras II jį tepatvirtino žodžiu), jis galiojo 40 metų.

 

1865 in. vyskupas M. Valančius pradėjo organizuoti pasipriešinimą rusinimo politikai. Jis skatino kunigus raginti valstiečius, liaudį nesileisti pritraukiamiems į stačiatikybę, boikotuoti kirilica parašytas knygas, steigti slaptas lietuviškas mokyklas.

 

1866 m. Rusijos valdžia Veiveriuose įsteigė pedagoginius kursus, kuriuose buvo ruošiami pradinių mokyklų mokytojai Užnemunės mokykloms. 1872 m. kursai reorganizuoti į Mokytojų seminariją. Vykdant lietuvių atskyrimo nuo lenkų politiką šioje mokykloje buvo stropiai mokoma lietuvių kalbos. Todėl ši institucija, iš esmės turėjusi tarnauti rusinimo politikai, tapo svarbiu naujos lietuvių inteligentijos rengimo centru.

 

1867 m. sausio 13 d. įsigaliojo nauja administracinė tvarka: iš Varšuvos generalgubernatoriui pavaldžios Augustavo gubernijos (iki 1837 m. vaivadija) šiaurinių apskričių sudaryta Suvalkų gubernija. Nuo tol Užnemunė pradėta vadinti Suvalkija.

 

1867 m. birželio 5 d. atidaryta Vilniaus viešoji biblioteka. Bibliotekos fondai buvo sudaryti iš rusų valdžios konfiskuotų privačių bibliotekų (daugiausia dvarų po sukilimo) bei buvusios Vilniaus universiteto bibliotekos. Viešoji biblioteka turėjo turtingą rankraštyną. Prie jos toliau veikė (po Vilniaus archeologijos komisijos uždarymo) Senienų muziejus.

 

1867 m. įsteigta Marijampolės berniukų gimnazija, kurioje, kaip ir Suvalkų gimnazijoje bei Seirių progimnazijoje, leista kaip fakultatyvą dėstyti lietuvių kalbą: dešimčiai Suvalkų gubernijos abiturientų, turinčių atestate lietuvių kalbos pažymį, skirtos valstybinės stipendijos Maskvos universitete. Tuo siekta ugdyti prorusiškai ir antilenkiškai nusiteikusią, tačiau etninės tapatybės nepraradusią lietuvių inteligentiją. Gimnazija tapo svarbiu naujos lietuvių inteligentijos rengimo centru.

 

1867-1870 m. vyskupo M. Valančiaus iniciatyva Rytprūsiuose sukurta lietuviškosios spaudos tradiciniu raidynu leidimo ir nelegalaus jos platinimo Lietuvoje sistema.

1868 m. prasidėjo masinė ekonominė emigracija iš Lietuvos į Jungtines Amerikos Valstijas, kitas Amerikos šalis ir Vakarų Europą.

 

1871-1873 m. nutiestas Liepojos-Romnų geležinkelis.

 

1872 m. panaikinta karo padėtis, įvesta sukilimo metu, nors dauguma tuometinių rusifikacinių ir diskriminacinių potvarkių liko galioti. Iki 1882 m. Rusijos administracinis režimas Lietuvoje tapo švelnesnis.

Panaikinus karo padėtį krašte pradėta įgyvendinti, nors ir pavėluotai, 1864 m. priimta Rusijos teismų reforma, įvedusi sąlyginai modernią teisėtvarką: neluominius teismus, advokatūrą, šalių varžymąsi, teisėjų nepriklausomumą nuo administracijos ir teisėtvarkos viešumą. Buvo įkurta Apylinkės taikos teisėjų institucija. Tačiau reforma krašte įvykdyta tik iš dalies. Rusijoje taikos teisėjus, kurių kompetencija buvo smulkių civilinių bylų nagrinėjimas, rinko zemstvos (iš dalies savarankiškos luominės vietos savivaldos įstaigos), o Šiaurės vakarų krašte juos skyrė rusų administracija. Apeliacinė šios grandies institucija buvo Apskrities taikos teisėjų suvažiavimas.

 

1873 m. Vilniuje išėjo teologinio turinio žydų raštų knyga Chefek Chaim („Gyvenimo troškimas“), autoriui rabinui I. M. Kohenui pelniusi pasaulinę šlovę.

 

1874 m. sausio 13 d. Rusijos caro Aleksandro II įsakymu panaikinta rekrutų prievolė, buvo įvesta visuotinė karo prievolė. Tai dar vienas žingsnis modernizuojant visuomenę.

 

1876 m. įsigaliojo 1870 m. Rusijos miestų įstatymas Kauno ir Vilniaus gubernijose. Miesto dūmą, tarybas pradėta rinkti ne pagal luomą, o pagal turto cenzą.

 

1879 m. Mažojoje Lietuvoje įsteigta mokslinė Lietuvių literatūros draugija (Litauische Literarische GeselIschaft).

 

1880 m. Vilniuje įsikūrė Lenkijos socialistų organizacijos (Gmina Socjalistozv Polskich) būrelis.

 

1882-1896 m. nutiestos pirmosios telefono linijos Lietuvoje.

 

1883-1886 m. Rytprūsiuose buvo leidžiamas pirmasis nelegalus lietuviškas laikraštis „Aušra“, skirtas Didžiajai Lietuvai. Atgijo buvęs nelegalus lietuvių tautinis sąjūdis. Laikraštis labai prisidėjo prie lietuvių tautinės sąmonės žadinimo, lietuvių tautinės inteligentijos konsolidavimo. Pagrindiniai laikraščio ideologai buvo Jonas Basanavičius ir Jonas Šliūpas.

 

1883-1894 m. įkurtos ir pradėjo veikti pirmosios pasaulietinės nelegalios lietuvių spaudos platinimo organizacijos.

 

1883 m. įsteigti Kauno ir Vilniaus apygardų teismai bei Vilniaus teismo rūmai. Pagal 1864 m. Rusijos teismų įstatymus baigta modernizuoti teismų sistema.

 

1883-1887 m. pagalvės mokestis (įvestas 1795 m.) pamažu pakeistas žemės mokesčiu visiems mokestiniams luomams. Taip vyko visuomenės modernėjimas.

 

1885-1914 m. Tilžėje veikė lietuvių kultūros draugija „Birutė“. Jos veikla skatino lietuvių tautinį sąmoningumą.

 

1887 m. Vilniuje susibūrė pirmasis Lietuvoje socialdemokratų būrelis.

 

1889-1905 m. Rytprūsiuose buvo leidžiami ir nelegaliai platinami Lietuvoje liberaliosios, demokratinės pakraipos žurnalai - „Varpas“, skirtas inteligentijai, ir „Ūkininkas“, skirtas valstiečiams. Abiejuose leidiniuose buvo kritikuojama Rusijos valdžios rusifikacinė politika, polonizacija, raginama kovoti dėl demokratinių teisių. Žurnalai, ypač „Varpas“, turėjo didelę reikšmę ugdant lietuvių tautinę sąmonę, formuluojant kultūrinę ir politinę tautinio sąjūdžio programą. Pagrindiniu „Varpo“ ideologu 1889-1899 m. buvo Vincas Kudirka. Jo parašyta „Tautiška giesmė“ Lietuvos valstybės himnas. Pagrindiniai „Varpo“ bendradarbiai buvo Kazys Grinius, Juozas Bagdonas, Juozas Adomaitis-Šemas, Jonas Jablonskis, Povilas Višinskis, Jonas Vileišis, Jurgis Šaulys ir kt.

 

1890-1896 m. konservatyvių pažiūrų katalikiškoji inteligentija Rytprūsiuose leido Lietuvai skirtą žurnalą „Žemaičių ir Lietuvos apžvalga“. Žurnale taip pat kritikuota rusifikacinė politika, nors propaguoti kovą prieš Rusijos valdžią buvo vengiama.

 

1892 m. kovo 3 d. Rusijos valdžia išleido įsakymą persekioti slaptąsias lietuviškas ir lenkiškas mokyklas.

 

1893 m. birželį Vilniuje įvyko Lenkų socialistinės partijos (Polska Partja Socialistyczna - PPS) 1 suvažiavimas. Suvažiavime Lietuva ir Baltarusija kaip teritorija pripažįstamos šios partijos veiklos domenu. Buvo sukurta PPS lietuviškoji sekcija.

 

1893 m. lapkričio 23 d. įvykdytos Kražių skerdynės - Rusijos valdžia brutaliai susidorojo su žmonėmis, pasipriešinusiais valdžios ketinimui uždaryti Kražių vienuolyno bažnyčią.

 

1895-1904 m. veikė nelegalios lietuvių spaudos platintojų ir skaitytojų draugijos.

 

1895 m. pasirodė Maironio (Jono Mačiulio) poezijos knyga „Pavasario balsai“ ir poema „Jaunoji Lietuva“, poetiškai įprasminusios ir manifestavusios lietuvių tautinį atgimimą.

 

1896 m. įkurta Lietuviškoji socialdemokratų partija. Jos programoje buvo įrašyta siekti suverenios Lietuvos, apimančios Vilniaus, Kauno, Suvalkų ir Gardino gubernijas, sujungtos su kaimyninėmis valstybėmis laisvos federacijos pagrindu. Pagrindiniai partijos veikėjai buvo Alfonsas Moravskis, Andrius Domaševičius, vėliau - Vladas Sirutavičius, Augustinas Janulaitis, Mykolas Biržiška, Steponas Kairys ir kt.

 

1896-1904 m. Rytprūsiuose buvo leidžiamas žurnalas „Tėvynės sargas“, išreiškiantis moderniau mąstančios katalikiškosios inteligentijos nuostatas. Žurnalas aktyviai priešinosi rusifikacijai, stengėsi įtraukti valstiečius į tautinį sąjūdį ir į kovą prieš rusus. Žurnalo pagrindinis ideologas buvo kunigas, lietuvių rašytojas Vaižgantas (Juozas Tumas).

 

1897 m. įvyko pirmasis visuotinis Rusijos imperijos gyventojų surašymas. Šio surašymo duomenimis, Kauno ir Vilniaus bei Suvalkų lietuviškoje dalyje gyveno 2,5 mln. žmonių.

 

1897 m. atšauktas draudimas statyti naujas katalikų bažnyčias; mokiniai katalikai Rusijos caro švenčių dienomis nebuvo varomi į cerkves.

 

1897 m. spalio 7-9 d. įvyko 1 žydų socialdemokratinių organizacijų suvažiavimas Vilniuje, kuriame įkurta visuotinė Rusijos ir Lenkijos žydų darbininkų sąjunga (Bundas).

 

1897-1902 m. pradėjo kurtis pirmosios akcinės bendrovės Lietuvoje.

 

1898-1899 m. slaptosios lenkų kultūros ir švietimo draugijos susijungė į nelegalų susivienijimą Ošiuiata, kuriam vadovavo Vitoldas Venslavskis (Witold Węstawski).

 

1899 m. Vilniuje pradėjo veikti promasoniška Neošubravcų draugija, kuriai vadovavo advokatas Tadas Vrublevskis (Tadeusz Wrublewski).

 

1899 m. rugpjūcio 20 d. Palangoje suvaidintas pirmasis viešas lietuviškas spektaklis - Antano Vilkutaičio-Keturakio „Amerika pirtyje“.

 

1900 m. lietuviai dalyvavo pasaulinėje parodoje Paryžiuje.

 

1901 m. įkurtas M. Muravjovo muziejus, kuriame buvo kaupiama muziejinė ir archyvinė medžiaga apie 1863 m. sukilimą.

 

1902 m. įsikūrė Lietuvių (nuo 1906 m. - Lietuvos) demokratų partija (LDP), savo programoje suformulavusi nepriklausomos demokratinės Lietuvos valstybės etnografinėje teritorijoje (ji iš esmės buvo tapatinama su dabartinės Lietuvos valstybės siena) siekį.

 

1902 m. Vilniuje įkurta pirmoji Rusijos imperijoje sionistinė partija Mizrachi.

1904 m. gegužės 7 d. panaikintas spaudos draudimas lotyniškuoju šriftu.

 

1904 m. gruodžio 23 d. Vilniuje išleistas pirmasis legalus dienraštis lietuvių kalba „Vilniaus žinios“.

 

1905 m. sausio 1 d. Vilniuje įvyko Rusijos sionistų suvažiavimas. Čia įsikūrė Rusijos sionistų organizacijos būstinė.